DIA與DDA有何不同？一文看懂兩大蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在dànbáizhì組學(xué)研究中，質(zhì)譜技術(shù)是揭示細(xì)胞內(nèi)dànbáizhì種類、豐度變化和翻譯后修飾的核心工具。特別是基于液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS/MS）的分析方法，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床研究、生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)等多個領(lǐng)域。其中，DDA（Data-Dependent Acquisition，數(shù)據(jù)依賴采集）和DIA（Data-Independent Acquisition，數(shù)據(jù)非依賴采集）是目前zuì主流的兩種質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集模式。雖然它們在操作流程上都以LC-MS/MS為基礎(chǔ)，但在數(shù)據(jù)獲取策略、信息覆蓋率、定量精度及數(shù)據(jù)重現(xiàn)性等方面存在顯著差異。

一、什么是DDA？

DDA是一種“點對點”采集策略。在LC-MS/MS分析過程中，質(zhì)譜儀優(yōu)良行一次全掃描（MS1），檢測出所有可離子化的前體離子，然后根據(jù)其強度從中選擇zuì強的若干個離子（通常為Top N）進行碎裂（MS2）并采集其碎片信息。這種選擇性碎裂的方式意味著質(zhì)譜儀的“注意力”主要集中在高豐度離子上，而低豐度離子往往會被忽略。

??DDA的優(yōu)勢：

• 鑒定深度高：尤其適用于復(fù)雜樣本中的dànbáizhì鑒定，能夠?qū)崿F(xiàn)對上千種dànbáizhì的高通量識別；

• 數(shù)據(jù)質(zhì)量清晰：由于每次僅碎裂少數(shù)離子，MS2譜圖背景干擾較少，便于人工或軟件識別。

??DDA的局限：

• 重復(fù)性差：由于MS2選擇具有隨機性，不同實驗中即使是同一樣本也可能選擇不同離子，導(dǎo)致數(shù)據(jù)一致性較差；

• 對低豐度蛋白不友好：高豐度離子優(yōu)先被采集，低豐度成分常常遺漏，限制了其在定量分析中的表現(xiàn)；

• 數(shù)據(jù)缺失嚴(yán)重：在多組學(xué)數(shù)據(jù)分析中，dànbáizhì/肽段缺失值較多，影響統(tǒng)計學(xué)分析的準(zhǔn)確性。

二、什么是DIA？

DIA是一種“面面俱到”的數(shù)據(jù)采集方式，其基本思想是將整個m/z范圍分成若干窗口（如8~25Da），然后對每個窗口內(nèi)的所有前體離子同時碎裂并采集MS2數(shù)據(jù)。換句話說，不再依賴于前體離子的強度篩選，而是對樣本中所有可檢測的離子群體進行無差別的全面掃描。

??DIA的優(yōu)勢：

• 數(shù)據(jù)重現(xiàn)性高：由于所有離子都被系統(tǒng)性采集，不依賴于實時信號強度，實驗之間的一致性顯著提升；

• 低豐度蛋白識別能力強：即使是信號較弱的肽段，也有可能進入分析流程；

• 適合大規(guī)模定量：特別適用于臨床研究和隊列樣本分析，能zuì大程度減少缺失值；

• 支持回溯分析：只要構(gòu)建了合適的光譜庫，后期可以從原始數(shù)據(jù)中回溯檢測感興趣的目標(biāo)肽段或蛋白。

??DIA的挑戰(zhàn)：

• 數(shù)據(jù)復(fù)雜度高：由于多個前體同時碎裂，MS2譜圖重疊嚴(yán)重，解析難度大；

• 對軟件依賴度高：需要優(yōu)良的算法（如Spectronaut、DIA-NN、OpenSWATH）來實現(xiàn)高準(zhǔn)確率的鑒定與定量；

• 光譜庫建設(shè)成本高：高質(zhì)量DIA分析通常依賴于預(yù)先構(gòu)建的DDA光譜庫，尤其在非模式物種或新研究體系中，構(gòu)庫過程繁瑣。

三、DIA與DDA的核心差異對比解析

從技術(shù)本質(zhì)來看，DDA與DIA的核心差異在于：是否對前體離子進行選擇性碎裂。DDA基于實時信號強度進行決策，是一種“有偏選擇”；而DIA則是不加選擇的全面掃描，具有高度的系統(tǒng)性。

從數(shù)據(jù)獲取策略出發(fā)，兩者的典型表現(xiàn)如下：

• 信息覆蓋率：DIA > DDA，DIA能更全面采集低豐度成分；

• 數(shù)據(jù)一致性：DIA優(yōu)于DDA，適合大規(guī)模隊列研究；

• 操作簡便性：DDA較為成熟且對儀器參數(shù)依賴性??；

• 定量準(zhǔn)確度：DIA具有更優(yōu)的線性范圍與動態(tài)響應(yīng)；

• 數(shù)據(jù)處理需求：DIA需更高性能的計算平臺及zhuānyè分析軟件。

四、適用場景的技術(shù)選擇建議

常見研究場景與推薦技術(shù)路徑：

?初步探索性研究或新物種蛋白組建庫：

建議優(yōu)先采用DDA，其高質(zhì)量MS2譜圖便于構(gòu)建光譜庫，提升后續(xù)DIA分析效率。

?臨床樣本隊列、大規(guī)模差異蛋白定量：

推薦使用DIA，其高重復(fù)性和低缺失率非常適合統(tǒng)計學(xué)分析與生物標(biāo)志物篩選。

?復(fù)雜蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析（如免疫沉淀質(zhì)譜）：

DDA由于特異性強、噪音低，更利于高置信度的肽段識別，適用于蛋白互作研究。

?定量驗證與生物標(biāo)志物驗證研究：

DIA結(jié)合PRM/MRM等驗證方法，可實現(xiàn)從發(fā)現(xiàn)到驗證的無縫銜接。

無論是選擇DDA還是DIA，核心在于明確研究目標(biāo)與資源條件，進而合理規(guī)劃實驗路徑。DDA適用于光譜庫建設(shè)和高置信度初篩，而DIA則更適合大樣本、定量為主的深度研究。建議科研人員在實驗設(shè)計階段就充分評估樣本量、目標(biāo)蛋白表達范圍和數(shù)據(jù)處理能力，制定zuì匹配的質(zhì)譜策略。百泰派克生物科技專注于前沿蛋白組學(xué)與代謝組解決方案，提供DIA定量dànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力每一項生命科學(xué)探索更進一步。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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