從樣本到結(jié)果：PRM定量蛋白質(zhì)組學分析流程詳解檢測技術(shù)服務詳情介紹

在靶向dànbáizhì定量研究中，PRM（Parallel Reaction Monitoring）因其出色的特異性與靈敏度，已被廣泛應用于疾病標志物驗證、藥物研發(fā)以及機制研究。然而，PRM的有效性不僅取決于質(zhì)譜設(shè)備的*程度，更依賴于從樣本處理到數(shù)據(jù)解讀的全流程質(zhì)量控制。本文將以樣本處理到zuì終數(shù)據(jù)解讀的完整流程為主線，詳解PRM定量蛋白組學分析的關(guān)鍵步驟。

一、PRM定量dànbáizhì組學分析之樣本類型與前處理

PRM分析對樣本質(zhì)量要求較高，建議使用凍存組織、細胞裂解液、血清/血漿、腦脊液等生物樣本，保證在冷鏈條件下采集和保存，避免蛋白降解。

1、樣本處理關(guān)鍵環(huán)節(jié)：

（1）蛋白提?。?采用RIPA、SDS等裂解液確保蛋白wánquán釋放；對膜蛋白、核蛋白等需優(yōu)化提取方案。

（2）定量檢測： BCA法進行濃度測定，確保各樣本間起始蛋白量一致。

（3）還原烷基化： DTT/TCEP還原二硫鍵，IAA封閉巰基，提升酶解效率。

（4）酶解步驟： Trypsin或Lys-C酶解過夜，控制溫度與時間避免過度或不足酶解。

（5）肽段純化： 使用C18固相提取柱去除雜質(zhì)，提高質(zhì)譜兼容性。

二、PRM定量dànbáizhì組學分析之質(zhì)譜采集

為實現(xiàn)bǎxiàngdàn白的jīngzhǔn定量，需在前期進行嚴謹?shù)姆椒ㄩ_發(fā)。

1、方法開發(fā)與內(nèi)標引入：

（1）肽段篩選： 基于UniProt數(shù)據(jù)庫選取代表性肽段，排除修飾位點和共享肽段。

（2）合成穩(wěn)定同位素標記內(nèi)標（SIS）： 與目標肽段同源但質(zhì)量差異可區(qū)分，實現(xiàn)相對/juéduì定量。

（3）質(zhì)譜方法設(shè)定： 選擇前體離子及其zuì具代表性的碎片離子，設(shè)置保留時間窗口及采集循環(huán)參數(shù)。

2、PRM數(shù)據(jù)采集要點（Orbitrap平臺）：

（1）分辨率選擇： 常用30,000或60,000平衡靈敏度與掃描速度。

（2）填充時間與AGC設(shè)定： 保證足夠的離子積累。

（3）質(zhì)量窗口與RT優(yōu)化： 提升靶點識別的特異性與穩(wěn)定性。

三、PRM定量dànbáizhì組學分析之數(shù)據(jù)處理與結(jié)果輸出

PRM具有清晰透明的數(shù)據(jù)處理過程。

1、Skyline軟件分析流程：

（1）導入質(zhì)譜raw數(shù)據(jù)與方法文件，載入內(nèi)標信息，自動提取XIC（離子色譜峰）。

（2）峰面積比值計算：利用內(nèi)標峰與目標峰面積比實現(xiàn)定量，適配相對/juéduì定量需求。

（3）保留時間匹配與手動校正：提高峰識別準確性。

（4）批量標準化與歸一化處理：去除批次效應與技術(shù)誤差。

2、定量數(shù)據(jù)解讀：

（1）統(tǒng)計分析： t檢驗、ANOVA等方法比較組間表達差異。

（2）多重校正： 控制假陽性率，如Benjamini-Hochberg法。

（3）生物學解讀： 結(jié)合GO/KEGG通路富集分析，挖掘潛在機制。

百泰派克生物科技的標準化PRM服務流程

百泰派克建立了從樣本處理到報告交付的全流程標準體系：

1、標準化前處理SOP：保障樣本一致性與蛋白完整性。

2、靶向肽段數(shù)據(jù)庫與內(nèi)標庫：覆蓋上千種常見靶標。

3、定制化Skyline方法開發(fā)：自動化、高重復性定量。

4、可視化數(shù)據(jù)報告：支持差異分析、聚類、機制注釋，助力客戶快速理解結(jié)果。

高質(zhì)量的PRM定量dànbáizhì組學分析，離不開嚴格控制的樣本處理流程與成熟穩(wěn)定的數(shù)據(jù)分析方案。PRM質(zhì)譜的價值不僅在于其出色的靶向定量能力，更在于它依托于一整套標準化、可重復的分析流程。從樣本采集、蛋白酶解、肽段富集，到方法開發(fā)、數(shù)據(jù)采集和解讀，每一步都關(guān)乎zuì終數(shù)據(jù)的可信度。百泰派克生物科技憑借zhuānyè平臺與經(jīng)驗團隊，為科研人員提供可靠、透明、可重復的PRM定量服務。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

從樣本到結(jié)果：PRM定量蛋白質(zhì)組學分析流程詳解檢測技術(shù)服務詳情介紹