單克隆抗體De Novo測序的完整流程檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

一、為什么要對單克隆抗體進(jìn)行De Novo測序？

在抗體藥開發(fā)與研究中，獲取全長抗體氨基酸序列是基礎(chǔ)起點(diǎn)。然而，在以下情境中，常規(guī)的基因測序路徑難以奏效：1、抗體僅有純化蛋白，無法獲得B細(xì)胞或mRNA；2、抗體來自外部渠道、文獻(xiàn)報(bào)道或商業(yè)來源，缺乏原始序列信息；3、早期研發(fā)階段或體內(nèi)篩選出的克隆，需結(jié)構(gòu)回溯驗(yàn)證；4、zhuānlì保護(hù)或一致性驗(yàn)證中，需要“看得見”的分子結(jié)構(gòu)。此時(shí)，基于質(zhì)譜的單克隆抗體De Novo測序成為科學(xué)的解決方案。該技術(shù)能夠在沒有參考序列的前提下，重建出抗體的輕鏈（LC）與重鏈（HC）全長序列，覆蓋CDR區(qū)域，并輔助后續(xù)的重組表達(dá)與功能驗(yàn)證。

二、單克隆抗體De Novo測序的標(biāo)準(zhǔn)流程概覽

1、抗體樣本準(zhǔn)備與質(zhì)量評估

首先需要獲得高純度的抗體蛋白樣本。建議提供≥20 µg的抗體溶液或清晰SDS-PAGE條帶。如原樣本為上清、血清等復(fù)雜背景，建議進(jìn)行Protein A/G純化或PAGE切膠純化。百泰派克提供完整的上游處理服務(wù)，確保進(jìn)入質(zhì)譜分析前的樣本質(zhì)量穩(wěn)定、背景低、雜蛋白干擾少。

2、多酶酶解策略設(shè)計(jì)

酶解是影響抗體序列覆蓋度的關(guān)鍵因素。傳統(tǒng)單一酶（如Trypsin）可能無法有效切割CDR區(qū)或疏水區(qū)，導(dǎo)致覆蓋盲區(qū)。因此，項(xiàng)目將采用3~5種不同專一性的蛋白酶（如Trypsin、Chymotrypsin、AspN、LysC、GluC）進(jìn)行并行消化。多酶聯(lián)用能生成高重疊率、多角度切割的肽段集合，為后續(xù)拼接提供堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。

3、LC-MS/MS高分辨率質(zhì)譜采集

將不同酶解體系的肽段樣品分批進(jìn)行納流液相色譜分離（NanoLC），并使用高分辨率質(zhì)譜平臺(tái)（如Orbitrap Fusion Lumos、timsTOF Pro等）進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜采集。通過HCD、CID、ETD等多種碎裂模式，獲取肽段在MS/MS層面的b/y離子信息，為De Novo算法提供基礎(chǔ)原始數(shù)據(jù)。

4、De Novo算法分析與序列拼接

采集到的MS/MS碎片圖譜將被送入多個(gè)主流De Novo軟件（如PEAKS Studio、Novor、pNovo等）進(jìn)行肽段序列預(yù)測。隨后結(jié)合人工審閱、結(jié)構(gòu)模板對照及片段重疊關(guān)系，對抗體的輕鏈和重鏈進(jìn)行全長序列拼接重建。CDR區(qū)、FR區(qū)、hinge區(qū)等關(guān)鍵功能域會(huì)被分別標(biāo)注，特殊氨基酸如I/L（等質(zhì)量異構(gòu)體）也將人工確認(rèn)。

5、翻譯后修飾識(shí)別與注釋（可選）

抗體蛋白常伴隨糖基化、氧化、脫酰胺等翻譯后修飾（PTMs），這些信息對表達(dá)系統(tǒng)選擇、功能活性分析等有重要意義。項(xiàng)目可同時(shí)進(jìn)行修飾識(shí)別模塊分析，并在交付結(jié)果中提供修飾位點(diǎn)、修飾類型與可信度評分。

6、序列驗(yàn)證與表達(dá)模板構(gòu)建（可選）

完成序列解析后，若客戶有表達(dá)需求，百泰派克生物科技可進(jìn)一步提供：

（1）cDNA序列反向翻譯

（2）表達(dá)載體構(gòu)建與合成

（3）CHO/293細(xì)胞瞬轉(zhuǎn)表達(dá)驗(yàn)證

（4）ELISA、Western Blot等活性檢測

從蛋白序列到功能抗體，一站式完成結(jié)構(gòu)重建與功能復(fù)現(xiàn)，真正讓測序結(jié)果可驗(yàn)證、可重組、可轉(zhuǎn)化。

三、百泰派克在單克隆抗體De Novo測序中的優(yōu)勢

百泰派克生物科技將抗體De Novo測序標(biāo)準(zhǔn)化為一套嚴(yán)謹(jǐn)、高覆蓋、高還原度的服務(wù)體系。我們的技術(shù)優(yōu)勢包括：

1、多酶協(xié)同體系優(yōu)化：覆蓋率可達(dá)95%以上，CDR全區(qū)段識(shí)別率＞98%

2、雙平臺(tái)并行質(zhì)譜分析：Orbitrap × timsTOF組合，提高數(shù)據(jù)通量與準(zhǔn)確性

3、自研算法+人工復(fù)核機(jī)制：提升拼接準(zhǔn)確率，杜絕輕鏈/重鏈錯(cuò)配

4、修飾圖譜同步解讀：不僅得序列，更得修飾與結(jié)構(gòu)功能信息

5、可選表達(dá)驗(yàn)證服務(wù)：從蛋白到功能的真實(shí)閉環(huán)，結(jié)果可靠可復(fù)現(xiàn)

我們已成功為抗體藥企、科研院所、醫(yī)院課題組等多個(gè)客戶完成抗體重建、老抗體復(fù)現(xiàn)、抗原親和抗體篩選、功能驗(yàn)證等項(xiàng)目，幫助其加快抗體工程進(jìn)度或解決zhuānlì保護(hù)難題。單克隆抗體的結(jié)構(gòu)解析，不應(yīng)止步于序列獲取，而應(yīng)延伸到功能復(fù)現(xiàn)、工程設(shè)計(jì)和產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化。De Novo測序作為連接實(shí)驗(yàn)樣本與表達(dá)系統(tǒng)之間的橋梁，是目前wéiyī可實(shí)現(xiàn)“從蛋白直接還原全結(jié)構(gòu)”的方法學(xué)。

百泰派克生物科技將持續(xù)通過高精度質(zhì)譜平臺(tái)、優(yōu)化的實(shí)驗(yàn)流程和專家級數(shù)據(jù)分析，為您提供可信、高質(zhì)量的抗體De Novo測序服務(wù)，助力您的抗體開發(fā)更加高效、透明、可

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白zhìzǔxué

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量蛋白zhìzǔxué、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種蛋白zhìzǔxué分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白zhìzǔxué服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋蛋白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

單克隆抗體De Novo測序的完整流程檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹